南京学科特长生有数学、物理、化学、生物、信息学等学科。

根据南京市教育局发布的《南京市招生考试管理规定（试行）》，南京市实施高中阶段学校招生录取综合评价制度，其中学科特长生是其中的一项，要求考生在高中阶段的学业水平测试中，对某一学科达到特别突出的成绩，同时要有综合素质评价优秀的表现。南京学科特长生的招生政策具体要求请参照南京市教育局相关文件，各个高中招生政策不尽相同。同时，目前南京市的学科特长生只包括理科类学科，文科类的学科特长生没有设置。