木棉花上是代表“医”和“药”的两个字母“Y”、“Y”的艺术变形巧妙组合：体现医药结合，以人为本的核心理念。

两个“Y”字母的造型与头上转型组合，是一个充满生命活力和健康体魄的展翅高飞的“人”，象征广药人对未来的展望，积极向上，追求卓越的奋发精神。校徽外环用“Y”字母构成的橄榄叶，体现广东药科大学“关爱使命、守护健康”的办学宗旨。校徽的“天”和“地”是广东药科大学全称和英文简称，寓“顶天立地”之意，富有现代感，传达出广东药科大学与国际接轨的强劲发展态势。校徽以深蓝色为标准色，代表知识的海洋、科技的深邃、理性的思考，蕴涵广东药科大学学风、教风和校风。校徽视觉传达的主旋律，是广药师生勇于攀登科技高峰，在知识的海洋任意展翅翱翔。这是广药精神的象征。