吉林农业大学目前有两个校区，分别是长春校区和吉林校区。

长春校区位于吉林省长春市船营区，占地面积约为2000亩，是吉林农业大学的主校区，拥有完善的教学、科研和生活设施。吉林校区位于吉林省吉林市船营区，占地面积约为1000亩，是吉林农业大学的分校区，也具备一定的教学和科研条件。两个校区之间有定期的校车班次，方便师生之间的交流和往来。