初三化学实验中，在使用滤纸过滤盐水时，应该将用过的滤纸丢进废纸篓或专门放置纸张废物的垃圾桶中。

通常情况下，校内会有专门处理纸张垃圾的环保箱或废纸篓，学生可以将用过的滤纸放入该垃圾桶中，以便学校进行回收和妥善处理。需要注意的是，使用过的滤纸可能会受到化学药品污染，因此不能随意丢弃。为了保护环境和自身安全，使用滤纸过滤盐水后应该对剩余的化学药品进行妥善处理。一般建议将废弃物按照特定标准分类并使用专门的垃圾桶进行收集和处理。