开设的学院有植物保护学院，经济管理学院，农学院，林学院，园艺学院，动物科学学院，资源与环境学院，食品科学学院，生物科学院，文法学院。

南校区占地面积2079亩，建筑面积22万平方米，是一座集数字化、园林化、生态化于一体的现代化校区。校区建筑风格充分体现了小群体、大个体、紧密型、放射型的设计构想。校区建设坚持了高起点规划、高标准建设、高效能管理的原则。综合教学楼建筑面积为36000平方，楼内设有教室98个，其中多媒体教室48个，普通教室40个，能同时容纳13000人上课。整个校区由教学园区、科教园区和生活园区三部分组成。校区南邻京沪、京福高速公路，西靠温泉大道，泮河大街贯穿东西，道路纵横交错，交通便利。山东农业大学目前共有62个本科专业，涵盖农学、理学、工学、管理学、经济学、文学、法学、教育学和医学九大学科门类，其中农学类16个专业、理学类9个专业、工学类21个、管理学类7个专业、经济学类2个专业、文学类4个专业、法学类1个专业、教育学1个专业、医学1个专业。