内蒙古农业大学东校区的专业有：经济管理学院，人文社会科学学院，外国语言学院，农学院，生态坏境学院，林学院。

主要是文史专业。内蒙古农业大学西校区的专业有：食品科学与工程学院，计算机与信息工程学院，生命科学学院，理学院，能源与交通工程学院，机电工程学院，水利与土木建筑工程学院，材料科学与艺术设计学院、兽医学院，国际教育学院，动物科学学院。主要是理工科专业。