基因工程中，限制酶的切割位点主要取决于限制酶能识别的特定的碱基序列。

限制酶一般用于切割含目的基因的DNA片段和切割质粒。切割时需要把握的几个原则：

1. 选择限制酶切割质粒，不能把质粒上的标记基因都切掉，最少保留一个标记基因。

2.选择限制酶，一般选择限制酶的识别序列是离质粒上的启动子最近的切割位点的酶。

3.为了避免质粒的自身环化，可以选择双酶切。