邱集镇地处苏皖两省交界处，距睢宁县城13公里，镇区地理坐标为东经118°38′，北纬33°48′。

东接睢宁县凌城镇，南与安徽泗县交界，西与官山镇毗邻，北靠高作镇。邱集镇位于睢宁县南大门，交通便利。宁徐一级公路横穿镇域北部，官凌路横穿镇域东南，高邱路、睢骆路自北向南贯通镇域。官凌路、高邱路、睢骆路经过邱集镇区，使镇区对外交通联系极其便利。睢骆路南至安徽骆庙镇，北通睢宁县城，高邱路向北直达宁徐一级公路。徐沙河从镇域北侧穿过，镇域内另有老龙河、新龙河、小睢河和西渭河四条河流。