芝麻剑鱼属于底层鱼类，喜欢生活在有急流的地方，而且乱石或石头璧里孔洞和石缝多的水域。

在天然水域，芝麻剑喜栖息于水较深的岩石洞里面，比如在溶岩洞里，地下河的入水口和出水口等处，有岩石的水域等。它的觅食习惯大部分在黄昏和夜间外出觅食。