中国农业大学的农业工程学科在历次的全国学科评估之中，均为全国第一。

中国农业大学的农业水利工程专业有一个特点，那就是创新与国际化。农业水利工程专业依托我国唯一的农业水利方向国家自然科学基金委创新研究群体，是首批国家一流专业、教育部卓越农林人才培养计划改革试点专业。该专业建有高等学校学科创新引智基地，与美国康奈尔大学、普度大学、康涅狄格大学等高校有合作培养项目。