复旦大学最好的三个专业是政治学、基础医学和数学，这三个专都是全国第一。

其他比较好的还有马克思主义理论、中国语言文学、新闻传播学、物理学、化学、工商管理、临床医学、应用经济学、社会学、外国语言文学、生物学、生态学、电子科学与技术、公共卫生与预防医学、公共管理、药学、中西医结合。