一般而言为了确保引物与模板专一性结合，引物长度以18bps以上为宜，最短最好不要低于15bps。

但是如果引物过长，则引物内部容易形成二级结构，引物之间也容易形成二级结构，这样反而会影响pcr扩增的效果。因此，一般普通pcr引物以16—25bps长度最好，既最大限度确保扩增特异性，有尽可能防止引物内部或引物之间形成二级结构，影响扩增效果。。