80年代末，由于仰恩大学始终未能形成一个坚强有力的办学队伍，加上陈旧的办学体制，僵化的办学模式，禁锢的办学思想，这些都紧紧地束缚着仰恩大学的发展。

为着国家教育改革的需要，1993年国家教委专程派员来仰恩基金会，建议吴先生独资办学，把仰恩大学办成一所作为国家教育改革试点的私立大学。随后，福建省省委、省政府也多次来仰恩基金会，先是向吴先生提出联合办学的设想，但未果。接着又向吴先生建议，为着国家教育改革，把仰恩大学办成私立大学，作为国家教育改革的试点。最后，吴先生同意了国家教委和福建省委、省政府的建议，决心把仰恩大学办成作为中国教育改革试点的私立大学。吴先生的决定，从根本上彻底改革了原仰恩大学的体制，使仰恩大学进入了一个崭新的发展时期。