它们的区别：1、衣藻和蓝藻虽然都属于藻类，但蓝藻属于原核生物，衣藻属于真核生物。

2、衣藻有线粒体，叶绿体等细胞器，而蓝藻不具叶绿体、线粒体、高尔基体、中心体、内质网和液泡等细胞器，唯一的细胞器是核糖体。虽然没有叶绿体，但有与之相关的酶和色素，所以都能进行光合作用。

3、有无成形的细胞核，衣藻具有成形的细胞核和多种细胞器。而蓝藻又被叫做蓝细胞，所以没有成形的细胞核。