海南大学的王牌专业包括国家级特色专业和海南省重点建设学科等。

其中，国家级特色专业有园艺、食品科学与工程、水产养殖学、法学、植物保护、农林经济管理、农学、农业资源与环境等。海南省重点建设学科包括作物遗传育种、植物学等。此外，海南大学还有其他比较好的专业，如法学、思想政治教育、汉语言文学、生物科学、生物技术、通信工程、化学工程与工艺、食品科学与工程、农学、园艺等。