在ProE中，可以通过以下步骤设置坐标轴为参照线：首先选择绘图工具栏上的“标注”工具，然后在下拉列表中选择“轴标注”。

接着，在轴标注选项卡上选择“参照线”选项，然后选择需要设置为参照线的坐标轴。最后，点击“确定”即可完成设置。设置参照线后，可以更加精确地布置零件或组件，提高工程设计的精度和效率。