东校区位于美丽的松花江南岸，一期工程于2003年完工并交付使用。

校区占地面积52.1126万平方米，建筑面积39.1927万平方米。现有学校机关、交通建筑工程学院、林学院、外语学院、音乐学院、美术学院、医学部、基础医学院、公共卫生学院、医学检验学院、口腔医学院、护理学院、药学院、经济管理学院、信息技术学院、国际交流学院等十几个单位、部门的万余名师生在东校区学习与工作。