三年级北京版数学和人教版主要有以下区别：北京版的数学相对于人教版来说，知识点的拓展难度要浅一些，知识点的题型也要少一些。

人教版是好多地区采用的版本，而北京版只有北京的学生才会用到，北京版的知识点范围和人教版差不多，排版的先后顺序有差别。