那曲县属高原亚寒带季风半湿润气候区。

平均海拨4500米以上，高寒缺氧，气候干燥，全年大风日100天左右，年平均气温为-2.2℃，最冷时可达零下三四十度，全年日照时数为2886小时以上；一年中5－9月份相对温暖，年降水量400毫米以上。全年没有绝对无霜期，每年十月至次年五月为风雪期和土壤冻结期，六月到八月为生长期。