一般的情况下，在如此湍急且深的水位，鱼类是很难在坝口存活。

但是三峡的工程师也考虑到了这点，三峡大坝的5级船闸就是利用连通器的原理，通过人工调降水位，将鱼聚集在特定的地点，然后抬升水位与上游保持平衡，这样上下游的鱼儿就可以从两边自由流动，这其实已经充当了鱼道的功能。因此三峡大坝是有鱼类繁殖的，特别大坝的上游更是鱼类的天堂。三峡大坝所在地的长江流域，最著名的是中华鲟。中华鲟体长可达5米，最大重达600多千克，是世界最大的淡水鱼之一。中华鲟形成了稳定的生殖回游习性，有亘古不变的航道。产卵期的中华鲟从近海回游到长江上游的金沙江一带产卵，孵化出的鲟苗顺流而下，顺江入海。在海洋生活约10年后，又从大海返回长江上游产卵。也正是由于中华鲟的这一产卵习性，让其数量大为减少；2013年已经监测不到野生中华鲟在野外自然繁殖的活动，目前中华鲟族群只能通过人工繁殖挽救其濒临灭绝的局面。