磷酸化合物中的磷酸基团一般由氧原子以酐键或酯键形式相连接，只有形成共轭的酐键才是高能磷酸键，而酯键则不是高能磷酸键，譬如水解磷酸烯醇式丙酮酸中的磷酸键释放的能量是水解6—磷酸—葡萄糖中磷酸键释放能量的4倍！ATP的磷酸酐键虽不是最高效，但它确实生物体内最通常的能量流通货币，其重要性无与伦比。

磷酸基团一般是指磷酸酰基，即磷酸脱去一个羟基的结构，也可以是脱去两个羟基的磷酸基团，比如ATP、核苷酸等；而磷酸就是指无机物磷酸，一般是以分子形式存在。磷酸基团具有很强的配合能力，能与许多金属离子生成可溶性的配合物。如Fe3+与PO43-可以生成无色的可溶性的配合物[Fe(PO4)2]3-和[Fe(HPO4)2]-；而磷酸属于二元中强酸，可以与各种碱性物质和金属发生反应，也可以用于制备其它酸。