学校拥有三年专科专业和四年本科专业，是全日制普通二本学校。

菏泽学院是山东省菏泽市唯一的本地全日制普通本科高校。现有本、专科专业四十余个。主要师范类专业有数学、化学、计算机、教育、心里、幼师、学前、体育等，以上都有本科和专科。学校前身是始建于1949年初的冀鲁豫区第二师范学校。1949年8月，定名为平原省立菏泽师范学校。1952年12月，更名为山东省菏泽第一师范学校。1958年8月，经山东省人民委员会批准，改建为菏泽师范专科学校。

2002年1月，经山东省人民政府批准，原菏泽师专、菏泽教育学院、菏泽电大、菏泽师范、菏泽农校五校合并，筹建菏泽学院。

2004年5月，教育部正式批准菏泽学院为普通本科高校。建校60多年来，共向国家输送了12余万名合格毕业生，为促进地方经济社会发展做出了应有的贡献。