云南高考416分理科可以申请部分本科专业，并且要求会相对较低。

1. 根据近几年高校录取线的情况，云南很多二本和三本高校的理科录取分数线在420分左右，而部分学科录取分数比较低，因此申请这些学科是完全可行的。

2. 此外，高考成绩并非唯一的录取标准，如果有突出的专业技能证书或者其他优秀表现也会对申请带来一定的帮助，因此可以尝试多方面提升自己的综合素质来增加录取机会。