南通大学现在有4个校区，分别是主校区、启东校区、启秀校区、钟秀校区。

主校区地址为江苏省南通市崇川区啬园路9号。启秀校区地址为南通市崇川区启秀路19号。启东校区地址为南通市启东市西振海路111号。钟秀校区地址为南通市外环东路999号。