本部是四个校区的，1.同济大学四平路校区，是主校区。

2.同济大学嘉定校区，地址：上海市嘉定区曹安公路4800号。是复旦大学的四大校区之一，俗称医学院校区，位于繁华的徐家汇东侧。

3.同济大学沪西校区，地址：沪西校区位于上海市普陀区真南路500号。校区占地面积414亩，校舍总面积30.2万平方米，包括新建设的现代化学生公寓5.2万平方米。按照学校资源配置与校区布局规划，同济大学浙江学院大三安排在沪西校区就读。

4.同济大学沪北校区，地址：同济大学沪北校区位于上海市中山北路727号(共和新路口)，1958年创建上海铁道医学院。 1995年5月上海铁道学院与上海铁道医学院合并成立上海铁道大学。