1999年，经教育部批准，由原吉林师范学院、吉林医学院、吉林林学院、吉林电气化高等专科学校合并组建为吉林省省属规模最大的重点综合性大学——北华大学。

2004年2月，经省政府批准吉林农垦特产高等专科学校与北华大学农业技术学院合并组建吉林特产学院。

2007年5月，学校将原医学院、第一临床医学院（附属医院）、护理学院、药学院和临床检验诊断实验室、生命科学与生物技术实验室、生物医学研究所等整合，成立北华大学医学部。