根据2025年的最新排名，南京市的大学排名如下：
公办本科大学排名：
南京大学 - 全国第5名
东南大学 - 全国第13名
南京理工大学 - 全国第38名
南京农业大学 - 全国第45名
南京航空航天大学 - 全国第34名
河海大学 - 全国第54名
南京师范大学 - 全国第65名
南京医科大学 - 全国第65名
南京邮电大学 - 全国第86名
南京工业大学 - 全国第91名
民办本科大学排名：
南京传媒学院 - 全国第7名
三江学院 - 全国第8名
独立学院排名：
东南大学成贤学院 - 全国第2名
南京航空航天大学金城学院 - 全国第6名
南京理工大学紫金学院 - 全国第7名
南京工业大学浦江学院 - 全国第39名
南京审计大学金审学院 - 全国第71名
职业技术大学排名：
南京工业职业技术大学 - 全国第1名
高职院校排名：
江苏经贸职业技术学院 - 全国第1名
南京信息职业技术学院 - 全国第2名
以上排名仅供参考，具体排名可能会因不同评估标准有所差异。