强奸罪证据不足怎么处理

认定犯罪嫌疑人构成强奸罪的证据不足的，检察院可以对证据不足的案件，进行自行侦查或者退回公安机关补充侦查，如果是经过两次补充侦查后，仍不能认定犯罪事实的，应作出不起诉决定。

法律依据

《刑法》第二百三十六条
以暴力、胁迫或者其他手段强奸妇女的，处三年以上十年以下有期徒刑。奸淫不满十四周岁的幼女的，以强奸论，从重处罚。强奸妇女、奸淫幼女，有下列情形之一的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑：
(一)强奸妇女、奸淫幼女情节恶劣的；
(二)强奸妇女、奸淫幼女多人的；
(三)在公共场所当众强奸妇女的；
(四)二人以上轮奸的；
(五)致使被害人重伤、死亡或者造成其他严重后果的。