单位非法占用农用地罪的处罚有:单位违反法律规定,非法占用农用地的,对单位判处罚金,并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员,判处五年以下有期徒刑或者拘役,并处或者单处罚金。
法律依据

《刑法》第十四条明知自己的行为会发生危害社会的结果,并且希望或者放任这种结果发生,因而构成犯罪的,是故意犯罪。

故意犯罪,应当负刑事责任。第三百四十二条违反土地管理法规,非法占用耕地、林地等农用地,改变被占用土地用途,数量较大,造成耕地、林地等农用地大量毁坏的,处五年以下有期徒刑或者拘役,并处或者单处罚金。第三百四十六条单位犯本节第三百三十八条至第三百四十五条规定之罪的,对单位判处罚金,并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员,依照本节各该条的规定处罚。