保护区违建一般是由城乡规划主管部门负责,其应责令停止建设、限期改正,逾期不改正的,可以拆除。

违建是指违反法律、法规在城市规划区内,没有取得建设工程规划许可证或者违反工程规划许可证的规定建设的建筑,是否属于违建可以审查是否具有规划许可等证件。
法律依据
《中华人民共和国城乡规划法》 第六十四条未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的,由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设;尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的,限期改正,处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款;无法采取改正措施消除影响的,限期拆除,不能拆除的,没收实物或者违法收入,可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。《中华人民共和国城乡规划法》 第六十五条在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的,由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正;逾期不改正的,可以拆除。