暴雨天迟到,扣工资是不合法的。一般的用人单位是不具有罚款权的,国家执法机关的权力才可以有经济罚款。用人单位可以不支付迟到的时间的工资,但是不能罚款。
法律依据
《中华人民共和国行政处罚法》第十七条行政处罚由具有行政处罚权的行政机关在法定职权范围内实施。第十八条
国家在城市管理、市场监管、生态环境、文化市场、交通运输、应急管理、农业等领域推行建立综合行政执法制度,相对集中行政处罚权。国务院或者省、自治区、直辖市人民政府可以决定一个行政机关行使有关行政机关的行政处罚权。限制人身自由的行政处罚权只能由公安机关和法律规定的其他机关行使。