1、没收财产主要是适用于破坏社会主义市场经济秩序罪、侵犯财产罪，而罚款可以是行政案件；
2、没收财产是剥夺犯罪分子个人现实所有财产的一部或者全部；而罚款是剥夺犯罪分子一定数额的金钱；
3、没收财产的执行机关是法院，罚款的机关可是公安机关、工商部门等行政机关。
法律依据
《中华人民共和国刑法》第五十二条
判处罚金，应当根据犯罪情节决定罚金数额。
《中华人民共和国刑法》第五十三条
罚金在判决指定的期限内一次或者分期缴纳。期满不缴纳的，强制缴纳。对于不能全部缴纳罚金的，人民法院在任何时候发现被执行人有可以执行的财产，应当随时追缴。如果由于遭遇不能抗拒的灾祸缴纳确实有困难的，可以酌情减少或者免除。
《中华人民共和国刑法》第五十九条
没收财产是没收犯罪分子个人所有财产的一部或者全部。没收全部财产的，应当对犯罪分子个人及其扶养的家属保留必需的生活费用。在判处没收财产的时候，不得没收属于犯罪分子家属所有或者应有的财产。