寻衅滋事罪和解协议有效。寻衅滋事罪的犯罪嫌疑人虽然和受害人达成了和解协议,但是依然会受到刑事处罚,可能会从轻或减轻处罚,但不会免除处罚。寻衅滋事罪是公诉案件,公诉案件原则上一般不允许和解,因为触犯刑法,是要受到刑事处罚和承担刑事责任的,但是情节轻微是可以和解的。
法律依据
《刑事诉讼法》第二百八十八条
下列公诉案件,犯罪嫌疑人、被告人真诚悔罪,通过向被害人赔偿损失、赔礼道歉等方式获得被害人谅解,被害人自愿和解的,双方当事人可以和解:
(一)因民间纠纷引起,涉嫌刑法分则第四章、第五章规定的犯罪案件,可能判处三年有期徒刑以下刑罚的;
(二)除渎职犯罪以外的可能判处七年有期徒刑以下刑罚的过失犯罪案件。
犯罪嫌疑人、被告人在五年以内曾经故意犯罪的,不适用本章规定的程序。