认定传染病菌种扩散罪既遂后会被判处三年以下有期徒刑或者拘役;后果特别严重的,处三年以上七年以下有期徒刑。传染病菌种、毒种扩散罪是指从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种、毒种的人员,违反国务院卫生行政部门的有关规定,造成传播染病菌种、毒种扩散,后果严重的行为。
法律依据
《刑法》第三百三十一条
从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种、毒种的人员,违反国务院卫生行政部门的有关规定,造成传染病菌种、毒种扩散,后果严重的,处三年以下有期徒刑或者拘役;后果特别严重的,处三年以上七年以下有期徒刑。