犯罪嫌疑人证据不足的处理方式是:首先由检察院审查起诉,检察院审查起诉后,发现证据不足的,可以退回公安机关进行补充侦查,也可以自己进行侦查;经法院审理后,证据不足的,作出无罪判决。
法律依据
《中华人民共和国刑事诉讼法》第九十条
人民检察院对于公安机关提请批准逮捕的案件进行审查后,应当根据情况分别作出批准逮捕或者不批准逮捕的决定。对于批准逮捕的决定,公安机关应当立即执行,并且将执行情况及时通知人民检察院。对于不批准逮捕的,人民检察院应当说明理由,需要补充侦查的,应当同时通知公安机关。
第一百七十五条
人民检察院审查案件,可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料;认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的,可以要求其对证据收集的合法性作出说明。
人民检察院审查案件,对于需要补充侦查的,可以退回公安机关补充侦查,也可以自行侦查。