分居期间的债务和抚养费不会冲突。
离婚时,夫妻共同生活所负的债务,应当共同偿还。共同财产不足清偿的,或财产归各自所有的,由双方协议清偿;协议不成的,由人民法院判决。抚养费是子女由一方直接抚养的,另一方应当负担部分或者全部抚养费。
法律依据
《中华人民共和国民法典》 第一千零八十五条离婚后,子女由一方直接抚养的,另一方应当负担部分或者全部抚养费。负担费用的多少和期限的长短,由双方协议;协议不成的,由人民法院判决。前款规定的协议或者判决,不妨碍子女在必要时向父母任何一方提出超过协议或者判决原定数额的合理要求。