怀孕三个多月,女方可以通过向法院提起诉讼方式提离婚,也可以与男方协议离婚。

协议离婚必须双方亲自到一方户口所在地的婚姻登记管理机关申请,婚姻登记管理机关在受理当事人的离婚登记申请后审理相关材料,双方当事人度过了冷静期后,可以申领离婚证。
法律依据
《中华人民共和国民法典》 第一千零七十六条夫妻双方自愿离婚的,应当签订书面离婚协议,并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。

《中华人民共和国民法典》 第一千零七十七条自婚姻登记机关收到离婚登记申请之日起三十日内,任何一方不愿意离婚的,可以向婚姻登记机关撤回离婚登记申请。前款规定期限届满后三十日内,双方应当亲自到婚姻登记机关申请发给离婚证;未申请的,视为撤回离婚登记申请。