怀孕期间协议离婚的程序:1、夫妻双方拿着结婚证、本人身份证(或户口簿)到有管辖权的婚姻登记机关现场填写《离婚登记申请书》。

2、工作人员进行初审,初审好之后发给双方《离婚登记申请受理回执单》。3、夫妻双方在拿到前述回执单后,冷静下来,度过三十天。4、过了冷静期,仍要离婚,三十天内拿材料去换离婚证。
法律依据

《中华人民共和国民法典》 第一千零七十六条

夫妻双方自愿离婚的,应当签订书面离婚协议,并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。《中华人民共和国民法典》 第一千零七十七条自婚姻登记机关收到离婚登记申请之日起三十日内,任何一方不愿意离婚的,可以向婚姻登记机关撤回离婚登记申请。前款规定期限届满后三十日内,双方应当亲自到婚姻登记机关申请发给离婚证;未申请的,视为撤回离婚登记申请。