分居三年后提起离婚的,法院不一定会判决离婚,法院判决离婚的唯一标准是夫妻感情破裂。如果双方是因为感情破裂而分居的,且连续分居的时间已经满两年的,则起诉离婚后法院调解无效会认定感情破裂,判决准予离婚。若只存在分居三年的事实,无法证明是因感情不和而分居三年,不存在其他感情确已破裂的情形,则法院不会判决离婚。
法律依据
《中华人民共和国民法典》 第一千零七十九条夫妻一方要求离婚的,可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件,应当进行调解;如果感情确已破裂,调解无效的,应当准予离婚。
有下列情形之一,调解无效的,应当准予离婚:(一)重婚或者与他人同居;(二)实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员;
(三)有赌博、吸毒等恶习屡教不改;(四)因感情不和分居满二年;(五)其他导致夫妻感情破裂的情形。一方被宣告失踪,另一方提起离婚诉讼的,应当准予离婚。经人民法院判决不准离婚后,双方又分居满一年,一方再次提起离婚诉讼的,应当准予离婚。