女方在怀孕期间申请离婚,如果感情确已破裂,调解无效的,法院会准予离婚。对于孩子的抚养权问题,法院会综合考虑男女双方的工作时间、经济收入情况、住房条件、与孩子相处的时间、学历等情况进行判决。一般来说,孩子的抚养权会判给最有利于孩子健康成长的一方。
法律依据

《中华人民共和国民法典》 第一千零七十九条夫妻一方要求离婚的,可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件,应当进行调解;如果感情确已破裂,调解无效的,应当准予离婚。

有下列情形之一,调解无效的,应当准予离婚:

(一)重婚或者与他人同居;(二)实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员;(三)有赌博、吸毒等恶习屡教不改;(四)因感情不和分居满二年;(五)其他导致夫妻感情破裂的情形。一方被宣告失踪,另一方提起离婚诉讼的,应当准予离婚。