作废的发票认证有以下后果:1、不能抵扣增值税进项税额;
2、相应的税务稽查会受到税务部门行政处罚,构成犯罪的,还应当追究相应刑事责任;3、作废的发票认证的其他后果。
法律依据
《国家税务总局关于认真做好增值税专用发票发售、填开管理等有关问题的通知》第一条税务机关专用发票管理部门在运用防伪税控发售系统进行发票入库管理或向纳税人发售专用发票时,要认真录入发票代码、号码,并与纸质专用发票进行仔细核对,确保发票代码、号码电子信息与纸质发票的代码、号码完全一致。第二条在未收回专用发票抵扣联及发票联,或虽已收回专用发票抵扣联及发票联但购货方已将专用发票抵扣联报送税务机关认证的情况下,销货方一律不得作废已开具的专用发票。