犯罪嫌疑人被批捕后案件在哪一机构

犯罪嫌疑人被批捕后案件在检察院。公安机关侦查终结的案件，会将案卷材料、证据一并移送同级人民检察院审查决定。如果犯罪嫌疑人自愿认罪的，应当记录在案，随案移送。

法律依据

《刑事诉讼法》第一百六十二条

公安机关侦查终结的案件，应当做到犯罪事实清楚，证据确实、充分，并且写出起诉意见书，连同案卷材料、证据一并移送同级人民检察院审查决定；同时将案件移送情况告知犯罪嫌疑人及其辩护律师。犯罪嫌疑人自愿认罪的，应当记录在案，随案移送，并在起诉意见书中写明有关情况。