如何确定负有刑事赔偿义务的机关

确定负有刑事赔偿义务的机关，主要看侵害公民权利的行为人是哪个机关，由最后作出侵害公民权利行为的那个国家机关作为赔偿义务机关。即侵犯公民、法人或其他组织的合法权益的，是谁的行为造成损害，谁就是刑事赔偿义务机关。

法律依据

《国家赔偿法》第二条

国家机关和国家机关工作人员行使职权，有本法规定的侵犯公民、法人和其他组织合法权益的情形，造成损害的，受害人有依照本法取得国家赔偿的权利。

本法规定的赔偿义务机关，应当依照本法及时履行赔偿义务。