保护改制企业小股东的合法权益的方法是,保护其知情权,使其可以查阅公司账簿,了解公司的财产情况。在作出重大决议时应当倾听小股东的意见。小股东也是具有表决权的。
法律依据

《公司法》第二十条公司股东应当遵守法律、行政法规和公司章程,依法行使股东权利,不得滥用股东权利损害公司或者其他股东的利益;不得滥用公司法人独立地位和股东有限责任损害公司债权人的利益。公司股东滥用股东权利给公司或者其他股东造成损失的,应当依法承担赔偿责任。公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任,逃避债务,严重损害公司债权人利益的,应当对公司债务承担连带责任。