应缴财政专户款是行政事业单位按规定代收的应上缴财政专户的预算外资金。按照《国务院关于加强预算外资金管理的决定》规定，预算外资金是指国家机关、事业单位和社会团体为履行或代行政府职能，依据国家法律、法规和具有法律效力的规章而收取、提取和安排使用的未纳人国家预算管理的各种财政性资金。各单位的预算外资金必须上缴同级财政专户，支出由同级财政按预算外资金收支计划和单位财务收支计划统筹安排，各单位需支用财政专户资金时，应先向财政部门提出申请，说明款项的用途和数量，经财政部门审查批准后，从财政专户中拨付，实行收支两条线管理。对其中少数有特殊需要的预算外资金，经财政部门核定收支计划后，可按确定的比例或收支结余的数额定期缴入同级财政专户。
行政事业单位应设置“应缴财政专户款”科目及“应缴财政专户款”账户。在“应缴财政专户款”总账户下，按预算外资金收人类别设置明细账。
(1)全额上缴。
单位收到应缴财政专户的各项收入时：
借：银行存款等
贷：应缴财政专户款
上缴财政专户时：
借：应缴财政专户款
贷：银行存款
(2)按比例上缴。
行政单位收到预算外资金收入时：
借：银行存款等
贷：预算外资金收入
应缴财政专户款
事业单位收到预算外资金收入时：
借：银行存款等
贷：事业收入
应缴财政专户款
缴入财政专户时：
借：应缴财政专户款
贷：银行存款
(3)结余上缴。
行政单位取得预算外收入时：
借：银行存款等
贷：预算外资金收入
行政单位定期结算预算外资金结余时，应按结余数：
借：预算外资金收入
贷：应缴财政专户款
事业单位取得预算外收入时：
借：银行存款等
贷：事业收入
事业单位定期结算预算外资金结余时，应按结余数：
借：事业收入
贷：应缴财政专户款
缴入财政专户时：
借：应缴财政专户款
贷：银行存款
“应缴财政专户款”科目贷方余额，反映应缴未缴数。年终，本科目应无余额。