公司转的工程款抵工资是不可以的。员工在不通知公司的情况下,私自用工程款抵扣了工资,这样的行为属于员工利用职务便利非法占有了公司的财物。工资的问题可以通过劳动仲裁解决,工程款是公司的合法财产;员工不可以用工程款抵工资。
法律依据

《劳动法》第五十条工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。《工资支付暂行规定》第七条工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日,则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次,实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。