自然灾害的停工损失计入营业外支出。营业外支出包括固定资产盘亏、报废、毁损、和出售的净损失、非季节性和非修理性期间的停工损失、职工子弟学校经费和技工学校经费、等。是指不属于企业生产经营费用,与企业生产经营活动没有直接的关系,但应从企业实现的利润总额中扣除的支出。
法律依据

《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第三十三条企业所得税法第八条所称其他支出,是指除成本、费用、税金、损失外,企业在生产经营活动中发生的与生产经营活动有关的、合理的支出。《中华人民共和国企业所得税法》第八条企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出,包括成本、费用、税金、损失和其他支出,准予在计算应纳税所得额时扣除。