总包抵扣分包发票流程:分包人在工程所在地申报纳税,由当地税务机关开具分包发票给分包人;总包人准备分包合同、分包发票等资料;总包人在工程所在地按照总包取得的全部价款和价外费用扣除其支付给其他单位的分包款后的余额申报纳税,经税务机关审核批准后,开具总包发票。
法律依据

《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条下列进项税额准予从销项税额中抵扣:(一)从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额。(二)从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额。(三)购进农产品,除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外,按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算的进项税额,国务院另有规定的除外。进项税额计算公式:

进项税额=买价×扣除率(四)自境外单位或者个人购进劳务、服务、无形资产或者境内的不动产,从税务机关或者扣缴义务人取得的代扣代缴税款的完税凭证上注明的增值税额。准予抵扣的项目和扣除率的调整,由国务院决定。