工资超过5000分两次发违法吗

工资超过5000，依法缴纳个人所得税的，分两次发不违法，而且法律也没有限制工资不能两次发放，用人单位与劳动者可以协商。工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。

法律依据

《工资支付暂行规定》第六条

用人单位应将工资支付给劳动者本人。劳动者本人因故不能领取工资时，可由其亲属或委托他人代领。

用人单位可委托银行代发工资。

用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。用人单位在支付工资时应向劳动者提供一份其个人的工资清单。