行政协议不可以约定仲裁。仲裁是平等的主体之间出现争议而采取的处理争议的方式,行政合同中双方不是平等的主体;对于由行政机关处理的行政争议不可以仲裁。
法律依据
《仲裁法》第二条

平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷,可以仲裁。第三条下列纠纷不能仲裁:

(一)婚姻、收养、监护、扶养、继承纠纷;(二)依法应当由行政机关处理的行政争议。《行政诉讼法》第二条公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益,有权依照本法向人民法院提起诉讼。前款所称行政行为,包括法律、法规、规章授权的组织作出的行政行为。